Вообще изначально символика креста и полумесяца не имеет ничего общего с противостоянием христианства и ислама. <...> Полумесяц под крестом является "наследником" византийской композиции "процветшего креста", известной как минимум с VI века. Эта композиция, в свою очередь, предположительно восходит к раннехристианскому символу надежды - якорю. Исходящие от креста ветви-побеги призваны напомнить о богословской концепции "плодоносящей" христианской церкви, результат деятельности которой состоит в умножении числа христиан и их добродетели. Подобный образ имеет основание в библейской книге Чисел, где оставленный на ночь в скинии жезл Моисеева брата Аарона "прозяб" (Числ., 17:8).

/А. Е. Мусин, Milites Christi Древней Руси./

правда, по другому поводу в этом сочинении есть неувязка.

от себя добавлю, что этот древний мотив цветения присутствует, вероятно, и в других особенностях изображения креста - например, в том, что кресты на храмах часто нарядные, узорные.
увидеть один из вариантов изображения процветшего креста можно на главной странице сайта "Православие.Ru" /в заголовке сайта/.